Часто производят параллельно два исследования — испражнения засевают не только на среды обогащения, а одновременно и на чашку с дифференциально-диагностическими средами. При росте брюшнотифозной культуры на чашке анализ сокращается на сутки. При обоих анализах полученные культуры изучаются и идентифицируются так же, как и гемокультура.
Бактериологическое исследование испражнений предусматривает следующие этапы. Первый этап — засев материала на среды обогащения. Засеваемые испражнения предварительно эмульгируют в пробирке со стерильным физиологическим раствором, выдерживают 20-60 минут (лучше в рефрижераторе на холоде) и после этого засевают на питательные среды жидкость, взятую после оседания грубых частиц из верхних слоев. Следует засевать испражнения не только на жидкие среды обогащения, но и на чашки с цветной питательной средой. Второй этап — пересев со среды обогащения через 24 часа инкубации в термостате на одну из дифференциальных сред (Эндо, Левина, Дригальского и др.).
При выделении патогенных кишечных микробов из испражнений следует употреблять среду Эндо, приготовленную с пониженным содержанием фуксина в сравнении с оригинальной прописью. Третий этап — снятие с чашек подозрительных — прозрачных, бесцветных колоний на среду Ресселя или пептонную воду с лактозой. Четвертый этап — дальнейшая биохимическая идентификация культур со среды Ресселя, которые не разложили лактозу, но разложили глюкозу с образованием кислоты или кислоты и газа, с засевом на пестрый ряд Гисса. Пятый этап — учет биохимических свойств (на четвертые сутки) и постановка с чистой культурой линейной реакции агглютинации с агглютинирующими сыворотками — брюшнотифозной, паратифозной А и В. На следующие сутки производят учет реакции агглютинации изучение морфолого-культуральных, биохимических и серологических (антигенных) свойств культуры.